Как-то раз в нашем мире открывается портал в другое измерение. Через него в наш мир попали два необычных существа, которые обладают удивительной силой. Чудища начали сражаться, пытаясь уничтожить друг друга, оставив после боя лишь частницы тёмной материи.
Спустя 12 лет дети двух учёных, пытавшихся изучить портал, из которого появились существа, отправляются на поиски своих пропавших родителей. Попав на поезд-призрак, Ай и Ю попадают в другой мир. Там они встречают путешественницу Лизу, а чуть позже и странника, именующего себя Чёрным Ветром. Так начинается их приключение в самые дебри чуждого для них мира.
Три путешественника - воин, волшебник и девушка - пересекают земли, опустошенные столетиями экологических катастроф. В своем странствии герои сталкиваются с охотниками за сокровищами, а потом попадают в Азек Систра, легендарный Город Мертвых. Проклятие, наложенное на город, грозит гибелью каждому, кто потревожит покой духов. Еще никто не смог найти дорогу из Города Мертвых, но это не останавливает бандитов из пустыни, которые стремятся ограбить мертвецов и готовы уничтожить каждого, кто встанет у них на пути.
Тридцать тысяч лет назад сотни учёных и поэтов создали множество уникальных трактатов и произведений. Тогда с неба спустился бог Наньчэн, и появилась библиотека, а каждое произведение стало священным, обретя свой дух. Прошло много лет, храм-библиотека был разрушен, и никто уже не помнит и не знает о существовании книжных духов, которых разбросало по миру в виде листов бумаги. Юная заклинательница случайно пробудила одного такого духа по имени Гу Ци ото сна. Теперь им предстоит вдвоём набраться сил, ресурсов и возродить великую библиотеку Наньчэн!
С внезапным появлением монстров, впоследствии именуемыми драконами, мир изменился до неузнаваемости. Кроме того, вскоре после этого на свет стали появляться девушки, наделённые силой, с помощью которой они способны управлять драконами и которую назвали «Д». Для таких особенных девушек была создана специальная женская академия Мидгар. Туда поступает и главный герой, Ю Мононобэ — единственный парень, обладающий «Д», чьё существование и способности держатся в глубоком секрете. Но в первый же день с ним случается конфуз: он сталкивается с одной из учениц по имени Ирис и лицезрит её в чём мать родила. А немногим позже он выясняет, что здесь также учится и Мицуки, его младшая сестра, с которой они были разлучены ещё в детстве.