В конце эпохи Всеобщего летоисчисления силы Земной Федерации предпринимают попытку разогнать корабль до скорости, превышающей скорость света. Войска Зеона атакуют орбитальный стартовый комплекс и уничтожают его, однако не раньше, чем корабль успевает благополучно стартовать.
Говорят, что в разрушенной Нериме будущего фотонная энергетическая катастрофа опустошила этот район. Никто не знает, правда это или нет, и трудно найти подробности. Все, что осталось, - это башня фотонного исследовательского центра, которая стоит как памятник в центре разрушений. Зи-тян и Гре-тян живут вместе в районе Шаттер, который простирается от основания башни. Их дом построен из подручных материалов и назван Photon House. Мощная фотонная энергия, которая циркулировала в этом месте, теперь исчезла, и миром теперь правят лучи-поглотители, падающие из космоса. Но даже сейчас Зи-тян и Гре-тян используют высокоэффективную фотонную энергию для питания своего дома.
В 2025 году внезапно появляются автоматы, прозванные Кику, и нападают на людей, оставляя многие города полностью опустошенными. Человеческая цивилизация лежит в руинах, но затем в Японии находят обломки Кику. Для изучения оружия Кику создан исследовательский центр под названием Токийский институт Кику (Toukigen). Следуя пословице "используй яд, чтобы победить яд", использование Кику для победы над Кику, по-видимому, является последней надеждой человечества. Девять лет спустя в результате исследований было создано новое оружие под названием "Мутцу", и оно почти готово к использованию в реальном бою. Мальчик, Рин Сагами, и девочка, Юдзуру Мидо, выбраны для катания на Мутцу. На них возложены надежды на будущее человечества, но они мужественно относятся к своей миссии. Однако то, что ждет этих двоих, - жестокая судьба.
Начинается после событий "Трансформеров-2010". Ультра Магнус отправляется в одиночное путешествие по различным цитаделям десептиконов, чтобы точно выяснить, что случилось с Оптимусом.
В начале XXI века человечество обнаружило необычный вид энергии, изучив который, люди смогли добиться существенных успехов в развитии кибернетики и даже смогли применить её в медицине.
Действие происходит в городе Кибервуд. Для подавления незаконной деятельности различных организаций разрабатывается боевой киберкостюм. Однако в ходе испытаний происходит диверсия, а пилота костюма Джона Сталкера похищают.