Под покровом ночи самурай в маске убивает пятерых мужчин в крупнейших городах Японии: троих в Токио, одного в Осаке и последнего в Киото. В ходе расследования полиция выясняет, что каждый из них был членом «Гэндзиботару» — воровской банды, занимающейся кражей буддийских статуй и артефактов.
Из-за отсутствия явных улик, указывающих на личности остальных членов банды, дело заходит в тупик, пока один из храмов Киото не обращается за помощью к знаменитому Когоро Мори. Монахи передают ему полученное анонимное письмо с необычной загадкой и просят найти давно потерянную статую. Тем временем Конан Эдогава и детектив-старшеклассник Хэйдзи Хаттори объединяются, чтобы разгадать эту таинственную загадку и найти убийцу, при этом Хаттори также ищет свою детскую первую любовь.
Благодаря тому, что Хаттори отлично знает Киото, они успешно обыскивают улицы и постепенно узнают правду, но преступник наносит новый удар: убивает ещё одного члена «Гэндзиботару» и после неоднократных покушений на жизнь Хаттори похищает его подругу детства. Только совместными усилиями юные детективы могут пролить свет на скрытые улики и положить конец кровопролитию, устроенному свирепым самураем, а также спасти любовь Хаттори.