Компайлер и Ассемблер дали три дня, чтобы вернуться в родной 2-D мир. Если они не вернутся, власть имущие 2-D мира поклялись уничтожить наш мир. Как они проведут свои последние дни на Земле? Смогут ли они признаться в любви? Если бы всё было так просто... Тем временем таинственный персонаж уничтожает других людей из 2-D мира. Смогут ли Компайлер и Ассемблер остановить нового злодея и остаться вместе с теми, кого они любят?
В 2010 году все мужское население Земли умерло от заражения окружающей среды неизвестными примесями. Возможно, это было вызвано падением орбитальной станции «Мир» с бактериологическим оружием на борту. Население сократилось до предельных 20 тысяч... женщин. Они ютятся в маленьких уголках мира, отвоеванных у природы. Есть те, кто принимает неизбежность полного исчезновения и живет беззаботной жизнью. Есть те, кто пытается продолжить гонку с помощью науки. Новое общество в постоянном конфликте из-за различия принципов и политики.
Действие разворачивается на руинах бывшего Токио. Это одно из последних мест, где еще живут люди. Конфликт разгорается вокруг двух технологий, созданных еще миром мужчин: «Айс» и «Башня Близнецов». Что несут в себе эти технологии и как их можно использовать для возрождения цивилизации — основной вопрос.
На фоне этих событий и разгорается драма главных героинь: Хитоми и Юки.
Чем-то на Окинаве начало попахивать. Вскоре Каори и её друзья, которые приехали сюда отдохнуть, понимают, что запах исходит от мёртвой рыбы, которая выходит из моря. Рыба ходит на железных ножках и заражена неизвестной болезнью, которую некие люди планировали использовать как биологическое оружие. После всего, что происходит, Тадаси и Каори понимают, что новый мир очень похож на старый, только со зловонием смерти.
В городе, именуемым Мегаструктурой, путешествует таинственный странник Килли. Он бродит по причудливым и зловещим уровням в поисках единственного спасения для всех выживших, Сетевых Терминальных Генов. Только они смогут остановить бесконечный рост города и спасти людей от истребления, но чем дальше он заходит, тем больше опасностей встречает на своём пути, а шанс отыскать искомое кажется уже маловероятным.