Три года прошло с момента окончания войны между джовианцами и землянами. Акито и Юрика считаются погибшими в крушении шаттла, случившемся годом позже. Малышка Рури Хосино продолжает нести службу, но уже сама командуя Надэсико.
Благодаря успешному изучению бозоновых прыжков была начата реализация «Плана Хисаго» — создание обширной сети порталов, окажись которая не в тех руках, и быть беде. Что и происходит, когда сеть внезапно оказывается захвачена террористами «Наследники Марса» во главе с бывшим джовианским офицером, представляющим людей, недовольных итогом войны.
Для секретного расследования ситуации прямо в гущу событий отправляется собранная вновь вместе старая команда Надэсико, у которых в пути появляется неожиданный союзник.
Год 153 Вселенского Века. Радикальная политическая партия захватывает власть на одной из космических колоний, именуемой «Сторона 2». Новоиспеченное правительство объявляет о создании независимой Империи Занскар, наращивая боевую мощь и готовясь к полномасштабной войне за Землю. Ослабленной и не готовой Земной Федерации остается надеяться на силы Военной Лиги, чьи подземные заводы на Земле уже производят прототип нового мобильного доспеха.
Беззаботному существованию двух подростков Усо и Шакти приходит конец, когда силы Империи Занскар вторгаются на Землю недалеко от их дома, вынуждая примкнуть к силам Военной Лиги.
Субару — юная девушка, которая внезапно обнаруживает, что её лучшая подруга Аой ходит в интересный кружок, участники которого пытаются собрать магический двигатель. А всё для того, чтобы странное существо из Плеяд могло вернуться домой.
По странному стечению обстоятельств Субару становится президентом этого клуба, и ей ничего не остаётся, как изо всех сил помогать ребятам в достижении их цели.
Потеряв всякую надежду, королева давно обреченной на смерть гигантской замороженной планеты Ла-Метал приказала всем поданным заменить свои тела на механические, чтобы дать им последний шанс на выживание. Но цена новых бессмертных тел оказалась высока — все жители планеты утратили человеческий разум. Превратившись в бездушного робота, Ла Андромеда Прометия II, королева Ла-Метал, решила механизировать все человечество. Дочери королевы, Мэйтэл и Эмеральда, увидев последствия использования искусственных тел, встали перед выбором: бороться с людьми против механоидов или же последовать пути своей матери.
Мэйтэл, после того как отказалась механизировать свое тело и сбежала с родной планеты, получает от обретшей прежний человеческий разум матери предложение вернуться домой и стать новой правительницей Ла-Метал. Но действительно ли королева вернула свою человечность?
Во время очередной остановки на спутнике планеты Хирайз, Мэйтел оказывается похищена. Тэцуро Хосино пытается спасти её, однако в итоге Галактический экспресс 999 терпит крушение на планете. На спасение им отправляют отряд Космических Охранных Сил, в котором состоит Манабу Юки. Теперь Тэцуро и Манабу предстоит не только спасти Мэйтел и пойманного во время крушения Проводника, но и разобраться, что скрывает эта планета и почему её убрали с галактической карты.
Лейтенант Оливер Мэй и подразделение технического отдела 603 на борту «Йотунхейма» продолжают испытания и оценку экспериментального оружия, чтобы помочь силам Зиона в войне против Сил Федерации. В конце каждого эксперимента нам рассказывают об испытаниях и несчастьях, с которыми столкнулся лётчик-испытатель оружия. Эпизоды добавляют небольшую главу к длинной истории Одногодичной войны.
Год 0088 Вселенского Века. После окончания войны ГРИПС Хаман Карн и остатки армии Зиона обосновались на астероиде Аксис, начав поиски возрождения утраченной империи Заби, позже провозгласив себя Нео-Зионом. Конфликт старых врагов набирает обороты, но сейчас Земная Федерация слаба как никогда, и только Анти-Земная Объединённая Группа способна противостоять Нео-Зиону. АЗОГ понадобится любая помощь, так как в предыдущей войне они потеряли многое. Экипаж корабля «Агама» вынужден прибегнуть к помощи молодого парня, работающего собирателем мусора на Стороне-1, по имени Джудо Ашта.
2201 год. Битва с императором Зордаром и Империей Кометы окончена. Ямато возвращается на Землю для ремонта. Кодаю и его команде нужно отдать последние почести павшим товарищам и набрать новых членов экипажа. Немало же предстоит Кодаю и его друзьям повозиться с новичками, прежде чем те будут готовы к битвам. Однако отдых продлится недолго. Ямато вновь отправляется в поход.
Вернувшись с остатками своего флота к родной планете Гамилус, Деслер обнаружил на ней захватчиков. Империя Тёмной Туманности хочет присоединить Гамилус и Искандар к свои владениям, ведь их недра богаты ценными минералами. Кодай и Деслер, в прошлом заклятый враг Ямато, теперь должны объединиться, чтобы противостоять новой угрозе.
Нибелунги — древний род, изгнанный когда-то с Вальгаллы, пристанища Богов. Альберих, один из потомков клана Нибелунгов, не в силах больше терпеть угнетение, бросает им вызов. Альберих похищает «Золото Вселенной», всемогущий метал, используемый когда-то при сотворении мира, и создаёт из него кольцо, способное подчинить себе всю Галактику. Но ради своей цели он готов уничтожить целую Вселенную. Мимэ, сестра Альбериха, являющаяся в настоящее время членом экипажа пиратского судна «Аркадия» под предводительством легендарного капитана Харлока, узнаёт о злых намерениях своего брата и просит Харлока о помощи. Космический капитан Харлок вместе со своими товарищами Тотиро Оямой, Эмеральдой и бесконечной странницей Мэйтел, отправляются в очередное путешествие, чтобы спасти Вселенную.