Пятнадцать лет назад в безлюдной части Тихого океана круизный лайнер столкнулся с айсбергом и бесследно скрылся в пучине вод. Спустя десять лет инженер корабля Хидето Яширо погибает в автокатастрофе. Маловероятная связь между этими событиями всплывает лишь во время первого рейса роскошного лайнера "Святая Афродита".
На борту в долгожданном отпуске находятся Когоро Мори, его дочь Ран, Конан Эдогава и юные детективы, наслаждаясь поездкой, предоставленной семьей Соноко Судзуки. Но веселье быстро заканчивается, когда игра в прятки приводит к исчезновению Соноко. Спустя некоторое время генерального директора группы Яширо, построившей "Святую Афродиту", находят зарезанной, а её отец пропадает без вести. Пока полицейское расследование заходит в тупик, Конан выходит на след преступника. Не желая быть пойманным, тот угрожает взорвать лайнер и отправить всех пассажиров на дно.
Когда корпус корабля стремительно наполняется водой, правда о мстительных убийствах наконец выходит наружу. Без пути к отступлению Конан и Когоро вынуждены сразиться с неуловимым преступником, прежде чем всех на борту утянет на дно океана.
Рекомендуется смотреть после 393 эпизода основного сериала.