«Ghost» — мобильная онлайн-игра, которою главный герой Иньи Е уже давно мечтает закончить. Работая над ней дни и ночи, парень даже пропускал свидания со своей девушкой. Вскоре Иньи Е узнаёт о нападении рядом со своим домом неизвестного монстра на молодую женщину. Когда он увидел фотографию монстра, то заметил сходство с тем персонажем, которого создал в игре. Почему же мир из мобильной игры Иньи Е переносится в реальную жизнь?
История игры разворачивается в 2037 году, в городе Сибуя. Японская социальная жизнь сильно изменилась с приходом AR-технологии «LayereD», которая позволяет визуализировать Интернет-действительность в реальный мир.
Начинается новый турнир по популярной карточной игре «Легенды Троецарствия». Талантливый игрок Го Сяо Е, отстранённый на два года из-за ложного обвинения в читерстве, возвращается вместе со своим аватаром, генералом Го Цзя, с целью занять первое место и погасить долги родителей. Однако оказывается, что урон, наносимый в игре, передаётся реальным игрокам. Главному герою предстоит разгадать тайну происходящего.
В будущем, благодаря развитию технологий, была создана игра, которая позволяет полностью погрузиться в виртуальную реальность. Главный герой – сын пары разработчиков игры, которые внезапно исчезают прямо накануне ее официального запуска. В поисках подсказок он отправляется в игровой мир, где ему помогает доставшийся в наследство от родителей искусственный интеллект, наделивший парня суммой в 30 млрд донатных монет. С таким богатством ему не приходится ни на чем экономить, так что герой находит друзей и постепенно приближается к тайне пропажи родителей, которая связана с организацией «Мир иллюзий».
События разворачиваются вокруг двух парней, которые зарабатывают на жизнь тем, что побеждают на игровых турнирах, взламывая онлайн игры. Когда они получили доступ к совершенно новой игре с возможностью полного погружения, то тут же решили, что награда в соревновании достанется им. Однако они даже представить не могли к чему всё это приведёт...
Тринадцать лет назад часть Токио отделилась и поднялась в небо. Парящая часть города получила название «Старый Токио», а земная — «Новый Токио». Наладить сообщения между образовавшимися городами было невозможно. Через несколько лет одна девушка случайно узнаёт о скором падении Старого Токио на землю. Чтобы спасти земных жителей, она отправляется в опасное путешествие до Нового Токио.