В далёком будущем поезда больше не привязаны к рельсам — теперь они бороздят небеса и путешествуют по всей вселенной по Галактическим железным дорогам, перевозя человечество с планеты на планету. Однако Галактические железные дороги не менее опасны, чем обычные поезда: преступники, террористы и злобные пришельцы всегда найдут способ устроить неприятности. Манабу Юки, порывистый и горячий по натуре парень, становится новым пополнением элитных Космических сил обороны (КСО) Галактических железных дорог. Эти отважные мужчины и женщины отвечают за защиту железных дорог и готовы противостоять любой невиданной угрозе, рискуя жизнью, чтобы защитить невинных от зла. Но по мере того как разворачивается эта драма и к КСО подступает величайший кризис, Манабу должен по-настоящему понять, что значит быть частью Космических сил обороны — пока не стало слишком поздно.
Во время очередной остановки на спутнике планеты Хирайз, Мэйтел оказывается похищена. Тэцуро Хосино пытается спасти её, однако в итоге Галактический экспресс 999 терпит крушение на планете. На спасение им отправляют отряд Космических Охранных Сил, в котором состоит Манабу Юки. Теперь Тэцуро и Манабу предстоит не только спасти Мэйтел и пойманного во время крушения Проводника, но и разобраться, что скрывает эта планета и почему её убрали с галактической карты.
Во время своих летних каникул у дедушки и бабушки Сиина Тамай, весёлая и жизнерадостная школьница, находит в море странно выглядящее существо, с которым она быстро находит общий язык и которого решает назвать Хосимару. Когда выходные заканчиваются, и Сиина возвращается домой, чтобы снова ходить в школу, она обнаруживает, что некоторые другие дети также подружились с созданиями, похожими на её нового знакомого. Но вскоре выясняется, что не все эти существа и их хозяева столь же дружелюбны, как Хосимару.