Действие фильма Кланнад происходит в старшей школе, расположенной на холме в небольшом японском городке.
Окадзаки Томоя является учеником третьего класса, но не принимает учёбу всерьез. Он всегда опаздывает на занятия и выглядит хулиганом в глазах своих одноклассников, которые заняты подготовкой к экзаменам. Излишне говорить, что он имеет не слишком много друзей. Самый близкий друг - такой же раздолбай Ёхэй Сунохара. Томоя, кажется, и не возражал против такого положения вещей - пока в один прекрасный день не повстречал Нагису Фурукава. Она осталась совсем одна, без друзей в этой школе, потому что все её бывшие одноклассники её уже закончили. Об этой неуклюжей девушке он не особо беспокоился. Но он не может оставить ее, и начинает помогать. В процессе он встречает еще несколько девушек из своей школы.
Хотя поначалу он не слишком заботится о них, но вскоре открывает свое сердце.
В городе Минато Мирай в Иокогаме известие о победе Милых Лекарств над Фузион является самой горячей темой для разговоров! Все девушки пытаются подражать своей любимой героине. Только Сакагами Аюми, новенькая, недавно переведенная в этот класс ученица, сама по себе. По дороге домой из школы, Аюми встречает странное существо. Она назвала его Фу-тян и они скоро стали хорошими друзьями. Но Фу-тян на самом деле является частью Фузион и имеет тёмную силу. Чтобы сделать Аюми счастливой, Фу-тян поглощает всё, что Аюми не любит, сея хаос в школе и по всему городу! Чтобы помочь Аюми и Фу-тян правильно понять друг друга, все двадцать восемь Милых Лекарств собираются ещё раз. Когда они объединяют свои силы, их вдруг охватывает чудесное свечение.
Действие спецвыпуска разворачивается между 21 и 22 эпизодами сериала.Получив предложение Симки возглавить «Генезис», Ицуки со своей командой «Когарасумару» отправляется на поиски сильных противников, дабы развить свою силу и подняться выше в ранге. И находит их в лице необычной команды «Потёмкин», изолировавшейся ото всех на корабле-острове...
Отец Гоку, Бардок, считался погибшим, когда Фриза уничтожил планету Вегета. Однако он выжил и был послан в очень далёкое прошлое — в то время, когда планету населяли странные существа. Там он встречает предка Фризы, космического пирата, и сражается с ним, чтобы защитить Вегету.
Хадзимэ, Миюки и инспектор Кэммоти приглашены на церемонию открытия «Дома Оперы». Там они узнают, что в честь открытия будет показана новая постановка «Призрака оперы». Но очень скоро таинственный «Призрак» начинает убивать участников труппы одного за другим. Хадзимэ придётся снова раскрывать дело об убийство в «Доме Оперы».
Привидения и гоблины опустошают селения, а взрослые дрожат в страхе перед странными вещами, происходящими вокруг. Они не могут сражаться самостоятельно, и поэтому дети опускают в гоблинский почтовый ящик письмо с просьбой о помощи. Из ниоткуда появляется Китаро, деревянные сандалии гэта которого издают щелкающие звуки. Он пришел победить привидения и гоблинов! В фильме фигурируют сверхъестественные существа из старинных японских сказок.