Во второй части "Войн зверей" представлены новые персонажи, действие которых происходит много лет назад, которые путешествуют на постапокалиптическую Землю, ныне известную как планета Гея. Кибертроны во главе с Лио Конвоем отправляются на планету, чтобы исследовать необычное изменение в поведении планеты и таким образом помешать дестронам во главе с Гальватроном, которые стремятся поглотить богатые ресурсы планеты.
Недалёкое будущее. Однажды в доме семьи Нацумэ появляется потерявшая память Нуку-Нуку. Теперь она живёт под именем Ацуко Хигути. Добрая, заботливая и к тому же великолепно готовящая, Ацуко быстро завоёвывает симпатию 14-летнего Рюносукэ.
Но вскоре в городе Манэки начинают происходить загадочные события: экспериментальные машины выходят из-под контроля, над улицами с рёвом проносятся боевые самолёты, а город один за другим сотрясают разрушительные происшествия. И каждый раз очевидцы замечают на месте таинственную девушку.
На протяжении веков магический и человеческий миры жили в мире друг с другом, хотя физически были разделены магическими вратами. Но когда могущественные магические сферы украдены и падают на Землю, король магии посылает Босса, бойца, Лайма, мастера-трансформера, и Пуги, мастера-морфера, чтобы вернуть их. У троицы не так много времени, и она должна вернуть сферы, которые при контакте с миром людей поглощают негативные эмоции предметов домашнего обихода и превращаются в бэмов, пучеглазых монстров!
Трагическая автокатастрофа оборвала жизнь Кирары Асаи в день её свадьбы. Непостижимым образом она становится призраком и переносится на восемь лет назад. Тогда она ещё не была влюблена в своего мужа Тикахиру Асая. Теперь у неё появилась возможность изменить события и помочь самой себе в прошлом.
Фильм начинается с космической битвы между космическими пиратами Сиконами и кибертронскими братьями Джойнтрон. Оба объединяются, образуя Бога Нептуна и Трипледака соответственно, и борются друг с другом. Они вовлекаются в ожесточенный бой, пока таинственный космический корабль не уносит их обоих все глубже в космос. Вернувшись на базу Кибертрона, один из воинов Кибертрона, Апач, сообщает кибертронцам, что к планете Гея приближается объект. Дестроны тоже заметили космический корабль. Гальватрон и его брат Гигасторм обсуждают это, и Гальватрон решает, что корабль - это положительный знак, и он принесет удачу.
В 22 веке больше нет войн по всему миру. Вместо этого по всей Земле вспыхивают мелкие войны. Тем временем появляется большой робот, который защищает слабых. Его называют "Танцующая нова". Некоторые даже называют его Богом. Однако никто не знает причины его существования - даже его пилоты. Затем другой робот, вопреки чьим-либо ожиданиям, проявляет себя как истинный враг и начинает свою атаку на Землю. Данкугар Нова наносит ответный удар по этому врагу с помощью силы, которая до сих пор держалась в секрете. Сможет ли Данкугар Нова спасти Землю? Звучит прелюдия к этой взрывоопасной конфронтации.
Когда японское правительство ставит гражданские организации во главе военно-воздушных сил страны, некоторые из этих компаний решают посадить своих начинающих кумиров за штурвал своих истребителей. Среди этих групп айдол-певцов - Колибри, команда из пяти женщин, состоящая из сестер Торэиси: Сацуки Торэиси, Удзуки Торэиси, Яей, Канны и Мины. Во время записи видеорежиссер Сюнсаку Кудо видит некоторый потенциал в этих девушках и вмешивается, чтобы помочь им достичь вершин чартов, сняв их дебютное видео.