В далёком будущем человечество колонизировало другие планеты по всей галактике. В то время как многие планеты живут в мире, планета Джерра была разорена десятилетиями войны. Гейст — Опаснейший Солдат (MDS — most dangerous soldier), генетически модифицированный человек с непревзойдёнными боевыми навыками и неукротимой жаждой битвы. Из-за неконтролируемого характера Гейст был помещён в криосон и заперт на спутнике. Спустя несколько лет спутник рухнул на планету, и Гейст проснулся ото сна, дабы вступить ещё в одну войну. На этот раз, чтобы помочь армии остановить центральный компьютер планеты от активации устройства судного дня, что приведёт к полному уничтожению всего живого на Джерре.
Чем-то на Окинаве начало попахивать. Вскоре Каори и её друзья, которые приехали сюда отдохнуть, понимают, что запах исходит от мёртвой рыбы, которая выходит из моря. Рыба ходит на железных ножках и заражена неизвестной болезнью, которую некие люди планировали использовать как биологическое оружие. После всего, что происходит, Тадаси и Каори понимают, что новый мир очень похож на старый, только со зловонием смерти.
В городе, именуемым Мегаструктурой, путешествует таинственный странник Килли. Он бродит по причудливым и зловещим уровням в поисках единственного спасения для всех выживших, Сетевых Терминальных Генов. Только они смогут остановить бесконечный рост города и спасти людей от истребления, но чем дальше он заходит, тем больше опасностей встречает на своём пути, а шанс отыскать искомое кажется уже маловероятным.
Руми - студентка-отличница, в свободное время работает в компания Мадонна, оказывающей телефонные консультации по интимным вопросам. И не просто работает, а является лучшим специалистом по особо запущенным случаям. В один вечер её звонит клиент, у которого действительно большая проблема. Руми с азартом берётся за решение этой задачки, но она даже и не подозревает, во что выльется встреча с этим молодым человеком...
В детстве Кадзую Мисиму сбросили с обрыва, и теперь он собирается принять участие в турнире под названием «Король Железного Кулака», чтобы отомстить своему отцу, мультимиллионеру Хэйхати Мисиме. Тем временем, оперативница организации WWWC Дзюн Кадзама и Гонконгский детектив Лэй Улун также принимают участие в Турнире, чтобы провести расследование незаконной деятельности Хэйхати, подозреваемого в проведении экспериментов, связанных с клонированием людей и генной инженерией. Также в Турнире примут участие несколько других опытных бойцов, только за тем, чтобы выиграть главный приз в один биллион йен, не подозревая об истинной цели Турнира и уготованной им судьбе.
В 2010 году все мужское население Земли умерло от заражения окружающей среды неизвестными примесями. Возможно, это было вызвано падением орбитальной станции «Мир» с бактериологическим оружием на борту. Население сократилось до предельных 20 тысяч... женщин. Они ютятся в маленьких уголках мира, отвоеванных у природы. Есть те, кто принимает неизбежность полного исчезновения и живет беззаботной жизнью. Есть те, кто пытается продолжить гонку с помощью науки. Новое общество в постоянном конфликте из-за различия принципов и политики.
Действие разворачивается на руинах бывшего Токио. Это одно из последних мест, где еще живут люди. Конфликт разгорается вокруг двух технологий, созданных еще миром мужчин: «Айс» и «Башня Близнецов». Что несут в себе эти технологии и как их можно использовать для возрождения цивилизации — основной вопрос.
На фоне этих событий и разгорается драма главных героинь: Хитоми и Юки.
Компайлер и Ассемблер дали три дня, чтобы вернуться в родной 2-D мир. Если они не вернутся, власть имущие 2-D мира поклялись уничтожить наш мир. Как они проведут свои последние дни на Земле? Смогут ли они признаться в любви? Если бы всё было так просто... Тем временем таинственный персонаж уничтожает других людей из 2-D мира. Смогут ли Компайлер и Ассемблер остановить нового злодея и остаться вместе с теми, кого они любят?
Глубоководный археолог Хироши Ибуки — член команды, работающей на дне моря в надежде обнаружить истоки существования Земли, но вместе этого обнаружившей таинственную колонию бактерий, которая испускает свет, похожий на северное сияние. Возродившись, древние бактерии попытаются сделать мир пригодным для себя, и этот процесс приведет Землю к его ранней первобытной форме, в ходе развития убивая всю нынешнюю жизнь.