Сатанинская программа была запущена на борту самолёта, летящего в Токио. Рой призванных демонов вызвал авиакатастрофу, и все пассажиры, кроме Акито Кобаяси, создателя программы, погибли. Кодзиро Сома, знавший Акито в начальной школе, снова оказывается в одном классе с ним. Позже, когда на Кодзиро и его одноклассников нападают демоны, он начинает по-настоящему понимать, кем стал его старый друг.
В далёком будущем человечество колонизировало другие планеты по всей галактике. В то время как многие планеты живут в мире, планета Джерра была разорена десятилетиями войны. Гейст — Опаснейший Солдат (MDS — most dangerous soldier), генетически модифицированный человек с непревзойдёнными боевыми навыками и неукротимой жаждой битвы. Из-за неконтролируемого характера Гейст был помещён в криосон и заперт на спутнике. Спустя несколько лет спутник рухнул на планету, и Гейст проснулся ото сна, дабы вступить ещё в одну войну. На этот раз, чтобы помочь армии остановить центральный компьютер планеты от активации устройства судного дня, что приведёт к полному уничтожению всего живого на Джерре.
Чем-то на Окинаве начало попахивать. Вскоре Каори и её друзья, которые приехали сюда отдохнуть, понимают, что запах исходит от мёртвой рыбы, которая выходит из моря. Рыба ходит на железных ножках и заражена неизвестной болезнью, которую некие люди планировали использовать как биологическое оружие. После всего, что происходит, Тадаси и Каори понимают, что новый мир очень похож на старый, только со зловонием смерти.
В городе, именуемым Мегаструктурой, путешествует таинственный странник Килли. Он бродит по причудливым и зловещим уровням в поисках единственного спасения для всех выживших, Сетевых Терминальных Генов. Только они смогут остановить бесконечный рост города и спасти людей от истребления, но чем дальше он заходит, тем больше опасностей встречает на своём пути, а шанс отыскать искомое кажется уже маловероятным.